Działalność naukowa oraz wykorzystywanie jej rezultatów w teorii i praktyce jest jednym z głównych z celów działalności Wyższej Szkoły Ekonomicznej. Poprzez wysoką jakość edukacji i badań naukowych oraz popieranie współpracy i wymiany wiedzy między naukowcami, instytucjami i środowiskiem przedsiębiorców Wyższa Szkoła Ekonomiczna angażuje się w życie społeczno-gospodarcze regionu.
W wyniku prac naukowo-badawczych prowadzonych na Uczelni, powstał znaczący dorobek piśmienniczy. Obejmuje on około 70 publikacji, w tym m.in. 22 podręczniki, 19 monografii, 11 periodyków, 14 raportów z badań, liczne artykuły opublikowane w czasopismach krajowych i zagranicznych oraz wiele referatów, które ukazały się w materiałach pokonferencyjnych.
Do wiodących tematów badawczych WSE należą przede wszystkim te związane z: procesem integracji europejskiej, rynkiem pracy, rozwojem regionalnym i lokalnym, w tym regionów wschodniej Polski, koniunkturą gospodarczą w województwie podlaskim.
Katedry i pracownicy Uczelni prowadzą współpracę naukową z wieloma ośrodkami akademickimi i innymi instytucjami w kraju i za granicą, między innymi w USA, Belgii, Włoszech, na Litwie, Białorusi, Ukrainie.
