Powstanie Wyższej Szkoły Ekonomicznej w Białymstoku było związane ze wzrostem zainteresowania studiami o profilu ekonomicznym w makroregionie
północno-wschodnim. Utworzenia uczelni ekonomicznej podjęli się byli pracownicy nauki na Wydziale Ekonomicznym Filii Uniwersytetu Warszawskiego w Białymstoku (obecnie Uniwersytetu w Białymstoku). 

Pierwszym etapem było założenie Instytutu Rozwoju Gospodarki Sp. z o. o. Następnie został opracowany i  złożony do MENiS wniosek o uruchomienie studiów zawodowych. 

Wyższa Szkoła Ekonomiczna w Białymstoku uzyskała wpis do rejestru niepaństwowych szkół wyższych MENiS w dniu 5 stycznia 1996 roku
pod pozycją 77.