Działalność naukowa oraz wykorzystywanie jej rezultatów w teorii i praktyce jest jednym z głównych z celów Wyższej Szkoły Ekonomicznej. Poprzez wysoką jakość edukacji i badań naukowych oraz popieranie współpracy i wymiany wiedzy pomiędzy naukowcami, instytucjami i środowiskiem przedsiębiorców, Wyższa Szkoła Ekonomiczna angażuje się w życie społeczno-gospodarcze regionu.
W wyniku prac naukowo-badawczych prowadzonych na Uczelni, powstał znaczący dorobek piśmienniczy. Obejmuje ponad 130 publikacji, w tym podręczniki, monografie, periodyki, raporty z badań, liczne artykuły opublikowane w czasopismach krajowych i zagranicznych oraz wiele referatów, które ukazały się w materiałach pokonferencyjnych.
Do wiodących tematów badawczych WSE należą przede wszystkim te związane z procesem integracji europejskiej, rynkiem pracy, rozwojem regionalnym i lokalnym, w tym regionów wschodniej Polski, koniunkturą gospodarczą w województwie podlaskim.
Katedry i pracownicy Uczelni prowadzą współpracę naukową z wieloma ośrodkami akademickimi i innymi instytucjami w kraju i za granicą, między innymi w Belgii, Portugalii, Węgrzech, Litwie, Białorusi i Ukrainie.