Wyższa Szkoła Ekonomiczna w Białymstoku charakteryzuje się dużą aktywnością w organizowaniu konferencji naukowych: krajowych i międzynarodowych. W ciągu swojego funkcjonowania zorganizowała lub była współorganizatorem kilkudziesięciu tego rodzaju spotkań naukowych. Poświęcone były one głównie problemom z zakresu: rynku pracy, polityki regionalnej, integracji europejskiej i przedsiębiorczości, a część z nich ma już charakter cykliczny.
W konferencjach organizowanych przez Wyższą Szkołę Ekonomiczną w Białymstoku uczestniczą reprezentanci środowisk naukowych, przedstawiciele władz rządowych i samorządowych, przedsiębiorcy oraz inni zainteresowani.
Do głównych współorganizatorów konferencji naukowych należą:
- Instytut Pracy i Spraw Socjalnych,
- Komitet Przestrzennego Zagospodarowania Kraju PAN,
- Instytut Geografii i Przestrzennego Zagospodarowania im. S. Leszczyckiego PAN,
- Uniwersytet w Białymstoku,
- Katedra Teologii Katolickiej, Uniwersytet w Białymstoku.
Konferencje organizowane przez WSE cieszą się dużym zainteresowaniem i są wysoko oceniane przez uczestników.